Схема учета в типовых программах 1С по работе с НДС с авансов следующая:

1. Платежное поручение входящие Дт 51 - Кт 62.02 - получен аванс от покупателя

2. Счет фактура выданный на аванс Дт 76.АВ - Кт 68.02 - выписан счет фактура на аванс

3. Реализация товаров и услуг Дт 62.02 - Кт 62.01 - зачет аванса

Дт 62.01 - Кт90.01 - выручка

Дт 90.03 - Кт 68.02 - НДС с продажи.

4. Формирование записей книги покупок (закладка Вычет НДС с авансов) Дт 68.02 - Кт 76.АВ - вычет НДС